En cas de manquement, soit à l'obligation de dépôt préalable, soit au règles de publicité sur les appellations d'établissement et de filières, le ministère de l'agriculture peut décider de sanctions administratives relatives au contrat (voir §2.3) et déférer, dans le même temps, le dossier au Parquet pour l'application des sanctions pénales prévues par la loi. Seul le juge pénal est compétent pour qualifier une information ou une publicité de mensongère ou tendancieuse. Le DRAF ne fait que signaler. Son rôle spécifique est de mettre en garde les établissements contrevenants vis à vis d'éventuelles poursuites et de les inviter à corriger, le cas échéant, le contenu de leurs informations ou publicité.

Les sanctions pénales prévues par la loi, en la matière, sont les suivantes (Code de l'Education, art. L.471-5) : 100 000 F d'amende, à la charge de l'association responsable, ou du chef d'établissement. Le tribunal peut, en outre, prononcer, pour une durée de cinq ans ou plus, l'interdiction de diriger et d'enseigner ainsi que la fermeture de l'établissement.