Sur le plan juridique, l’établissement repose sur une association responsable. Celle-ci est constituée, dans la plupart des cas, de l’ensemble des parents d’élèves ainsi que de bénévoles, souvent des professionnels du secteur de l’agriculture et des professions connexes.

L’association est dirigée par un conseil d’administration qui comporte donc des représentants des parents d’élèves, des anciens élèves et des professionnels ainsi que des membres de droit représentant la tutelle.

L’association prend les décisions concernant l’orientation des filières de formation "ouverture, fermeture", elle a la responsabilité de la gestion de l’établissement, elle emploie le personnel de droit privé dont le chef d’établissement.

L’association est responsable devant l’État (Ministère de l’agriculture) avec lequel elle a passé contrat pour ce qui concerne les formations initiales. A ce titre, elle participe au service public d’éducation conformément à la loi du 31 décembre 1984 (articles L.813-1 et suivants du code rural) [voir Le CNEAP dans l'enseignement agricole]. Grâce au contrat, l’État assure le financement des formations initiales : il rémunère directement les enseignants de droit public et contribue aux frais de fonctionnement des lycées.

Les formations par apprentissage et la formation continue sont organisées et financées par des conventions conclues avec les conseils régionaux ou les entreprises.